Ancien élève de l'École normale supérieure de Saint-Cloud, Yves KRUMENACKER enseigne l'histoire moderne à l'université Jean-Moulin - Lyon III depuis 1998, comme maître de conférences puis comme professeur. Depuis 2008, il est membre senior de l'Institut Universitaire de France. Il est membre de l'équipe de recherches RESEA. Il travaille principalement sur l'histoire religieuse de la France moderne, notamment sur la spiritualité du  XVIIème siècle et le protestantisme.